Porto alegre - murcia cooperation towards drug design improvement
Entre octubre y diciembre de 2016, los dos grupos de investigación integraron sus experticias durante una Fundacion Seneca Estancia de Investigadores Visitantes, 2015, otorgada bajo el número 19948/IV/15. Desarrollamos una plataforma de dinámica molecular integrada en la estructura virtual de búsqueda de BIO-HPC, capaz de trabajar en un flujo de alta capacidad de moléculas, como enfoque para refinar los resultados de encaje y incluir flexibilidad en el complejo receptor-ligando entero. Este pipeline fue empleado en un ciclo para desarrollar aún más TMI en su complejo con antitrombina. Sin embargo, el proyecto de 2015 se centró en un solo objetivo molecular, así como en la optimización de un compuesto particular. Ahora queremos seguir desarrollando la plataforma, considerando:
- una perspectiva amplia de aplicación, para múltiples objetivos, con diferentes plegamientos y propiedades (por ejemplo, proteínas transmembrana);
- un movimiento hacia el estado de la arte en simulaciones y análisis, como promedios en múltiples simulaciones de replica y en relación con las simulaciones de control;
- la implementación de técnicas mejoradas de muestreo;
- la inclusión de adicionales controles de calidad para parámetros de topología;
- la evaluación de las capacidades de los ligandos para promover la modificación conformacional en sus receptores, es decir, buscar pruebas de agonismo/antagonismo.