Aprender técnicas de bioinformática para la secuenciación del genoma de dorada (SPARUS AURATA).
La dorada (Sparus aurata) es la tercera especie de mayor producción en acuicultura en España. Uno de los principales problemas que tiene el sector, son las bajas producidas por patógenos, como Photobacterium damselae subespecie piscicida (Phdp), que causa un alto ratio de mortalidad en la producción mediterránea, en x000Dtorno al 6,7% de la producción total. Por ello, la selección genética para resistencia a enfermedades es prioritaria en los programas de mejora genética de dorada.
El objetivo del presente estudio es establecer dos poblaciones de doradas, una resistente y otra sensible a infecciones, para posteriormente profundizar en la x000Dinformación genética que controla la resistencia a infecciones. A partir de un total de 133 reproductores (57♂ and 76♀), pertenecientes al Instituto Español de Oceanografía (Planta de Cultivos de Mazarrón), procedentes del Mar Mediterráneo y que nunca han sido seleccionados, se obtuvo un lote de descendientes en los que se analizó diferentes marcadores inmunes. Además, parte de ellos fueron sometidos a un reto frente al patógeno Phdp y otra parte del lote fue engordada en jaulas en el mar, hasta la edad de sacrificio.
Los datos fueron analizados mediante una aproximación Bayesiana con el siguiente modelo mixto: Y = Xβ + Zu + e, donde β incluye los efectos fijos, y u el efecto aleatorio del animal. A partir de este modelo, se han elegido como criterios de selección el peso del propio individuo y de sus descendientes y la actividad peroxidasa por ser el marcador inmune con heredabilidad más alta (0.30), todos ellos teniendo en cuenta los días a la muerte de los individuos en el reto a Phdp. Una vez obtenidos los valores genéticos para cada carácter se ha calculado un índice combinado con todos ellos, que se utilizará como criterio de selección final.
Una vez obtenidos los valores genéticos de los animales, se seleccionaron al 10% de los reproductores con un mejor índice combinado como doradas resistentes (DR, con 8 ♂ y 5 ♀) y el otro 10% de los reproductores, con peor índice combinado, como doradas sensibles (DS, con 8 ♂ y 5 ♀). Posteriormente se van a realizar cruzamientos de DRxDR y DSxDS, para volver a someter a sus respectivas descendencias de nuevo a un reto frente a Phdp. Paralelamente, se va a secuenciar el ADN genómico de los reproductores DR y DS y de sus respectivas descendencias con el fin de estudiar el genoma de la dorada, el cual tiene un tamaño de más de 1.600 millones de pb. En este estudio se va a investigar sobre la determinación genética de la resistencia a infecciones en dorada, en peces que previamente han sido seleccionados para resistencia a Phdp.