Algunas especies de bacterias son esenciales en la Industria Alimentaria, especialmente en los procesos fermentativos. Cualquier agente o factor que retrasa o frena esta fermentación puede generar dificultades tecnológicas durante el proceso de fabricación (variaciones de pH, prolongación de tiempos de fermentación, etc.), lo que deriva en la obtención de productos defectuosos y perjudicando su rentabilidad económica. La existencia de virus que infectan estas bacterias usadas como iniciadores constituye la causa principal de problemas de fermentación.

Estos virus, llamados bacteriofagos, se encuentran en las plantas industriales, tanto en la materia prima como en los productos obtenidos posteriormente. Por este motivo, se requieren sistemas analíticos sensibles y rápidos, capaces de identificarlos en las materias primas utilizadas en la industria y fundamentalmente en las utilizadas en la industria láctea y cárnica.

El éxito de las fermentaciones alimentarias industriales depende de la composición de la materia prima, del adecuado crecimiento de los cultivos iniciadores y de la estabilidad genética de los caracteres que inducen la transformación deseada en aquélla. Estos procesos son realizados a gran escala, por lo que un fallo en la fermentación tiene como consecuencia grandes pérdidas económicas.

Las infecciones por bacteriófagos, bien por contaminación de la materia prima o por inducción de profagos presentes en el cultivo iniciador, son la principal causa de fallos en las fermentaciones lácteas. Los fagos provocan la lisis de las bacterias iniciadoras de forma que no se obtiene una acidificación adecuada y así el producto no alcanza el pH final esperado y no adquiere las propiedades sensoriales deseadas.

Además, en estas condiciones pueden desarrollarse microorganismos alterantes o patógenos. Las infecciones fágicas representan una amenaza permanente en la industria, debido a que determinadas materias primas no pueden ser tratadas para su higienización con procesos agresivos que las deterioren, lo que permite que los fagos no se eliminen y permanezcan en ella afectando a procesos posteriores.

Debido a la problemática desencadenada fundamentalmente en la industria láctea, y por extensión al resto de industrias agroalimentarias que emplean en su producción bacterias ácido lácticas, como pueden ser la industria cárnica y la de encurtidos, se plantea la necesidad de realizar una investigación desde el punto de vista cualitativo y cuantitativo para evaluar de forma rápida y fiable la incidencia de los fagos en las producciones de estas industrias.