Este proyecto se centra en el diseño, evaluación y explotación de importantes aplicaciones biomédicas relacionadas con la determinación de la estructura y función proteica y el descubrimiento de fármacos sobre arquitecturas paralelas de altas prestaciones y bajo coste. Partiendo de una serie de problemas de un elevado interés para la comunidad científica, en este proyecto planteamos diseñar diversas alternativas paralelas que puedan ser ejecutadas en arquitecturas de bajo coste económico: arquitecturas de procesadores actuales multicore (con pocos núcleos de ejecución, como los de Intel y AMD), y arquitecturas manycore (con bastantes núcleos de ejecución, como los que tienen las tarjetas gráficas fabricadas por NVidia o AMD).

Junto al diseño paralelo, se realizará un estudio del rendimiento de las aplicaciones con el fin de detectar los posibles cuellos de botella y mejorar las prestaciones de los algoritmos propuestos. Asimismo, se realizará una comparativa con el rendimiento obtenido por dichas aplicaciones en un Supercomputador, de cara a tener una referencia de lo que podríamos denominar una ¿cota superior¿ de las prestaciones paralelas del algoritmo dado. También planteamos realizar un estudio del consumo de energía que tienen las diferentes propuestas en cada una de las arquitecturas utilizadas, así como explorar el comportamiento de nuestras soluciones para el caso de usar los denominados ¿cluster heterogéneos¿, es decir, plataformas compuestas por varias CPUs y varias GPUs que actúan de forma coordinada para la resolución de un problema. Junto al interés por la mejora en el rendimiento de los algoritmos biomédicos paralelos, esperamos también estudiar la implementación eficiente de nuevas características en las aplicaciones biomédicas, que hagan sus predicciones más realistas y que hasta ahora no se podrían llevar a cabo debido a la carencia de recursos computacionales.

Por último, reseñar que las aplicaciones utilizadas en el proyecto tienen un alto interés en problemas biomédicos de gran relevancia relacionados con el diseño de nuevos fármacos en enfermedades relacionadas con disfunciones de la coagulación sanguínea, y el estudio funcional y estructural de las proteínas implicadas.