Estancia breve predoctoral
El grupo de investigación Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics de la Universidad de Utrecht, dirigido por el Prof. Albert Heck, es uno de los grupos líderes en proteómica en toda Europa. Este grupo es especialista en crear e implementar nuevas e innovativas técnicas para proteómica utilizando espectrometría de masas. Su investigación hace especial énfasis en caracterización de proteínas y modificaciones postraduccionales.
Por esta última razón fue por la que elegimos este laboratorio para realizar los experimentos. El trabajo que voy a realizar en Utrecht consta de un objetivo: determinar el efecto de los ratios de proteínas acetiladas/no-acetiladas.
Todos los cultivos y extracciones de proteínas en las distintas condiciones y cepas bacterianas se han realizado en el laboratorio de Murcia, y estos extractos de proteínas se analizarán en Utrecht.
Los extractos de proteína utilizados serán los de la cepa silvestre y los dos mutantes delecionados scoB (deficiente en la desacetilasa) y patZ (deficiente en la lisín-acetilasa) en distintas condiciones de cultivo. Estas proteínas serán digeridas con tripsina, diferencialmente marcadas con dimethyl labelling, para posteriormente ser mezcladas y hacer pull down de péptidos acetilados en lisinas con anticuerpos anti-acetil-lisina.
Los resultados que esperamos obtener de estos experimentos son los siguientes:
- La identificación de las proteínas que son acetiladas en E. coli. La selección que hemos realizado en nuestro laboratorio de las condiciones de cultivo nos mostrará unos resultados mejores que los ya publicados de Escherichia coli por otros grupos.
- La cuantificación de los ratios de proteínas acetiladas/no-acetiladas en la cepa silvestre y los mutantes delecionados. Estos resultados nos indicarán la importancia de este sistema de regulación postraduccional en Escherichia coli en las distintas condiciones ensayadas.
Con todos estos resultados podremos vislumbrar la relevancia del sistema de regulación postraduccional de acetilación en el control del metabolismo central en bacterias. Todo este nuevo conocimiento será importante ya que ayudará al desarrollo de nuevos procesos biotecnológicos.