Mi trabajo se centra en la integración semántica de información biomédica para dar soporte a la investigación clínica. Parte de este trabajo es una herramienta de integración basada en web semántica (SWIT) (ver http://sele.inf.um.es/swit). Esta herramienta permite la transformación e integración de datos biomédicos provenientes de fuentes heterogéneas.

Actualmente SWIT procesa datos procedentes de bases de datos relacionales o extractos XML de historiales clínicos electrónicos que siguen la estructura de arquetipos, realiza un mapeo entre estos y la ontología OWL del dominio, la cual proporciona las categorías y estructuras semánticas y como resultado genera repositorios RDF y OWL. SWIT ha sido usada con éxito para la transformación semántica de datos de pacientes del programa de detección de cáncer de colon y recto para su clasificación por nivel de riesgo, siguiendo protocolos internacionales y haciendo uso de razonamiento OWL (http://miuras.inf.um.es/colorectal).

Armonización semántica de recursos clínicos en SemanticHealthNet (SHN)

El grupo receptor lidera el paquete de trabajo sobre armonización semántica de recursos clínicos en la Red FP7 de Excelencia Europea de Interoperabilidad Semántica en Salud, SemanticHealthNet (SHN). Actualmente persigue la interoperabilidad de la información clínica y proponen el uso de anotaciones semánticas formales en información clínica heterogénea, lo cual hace posible detectar contenido isosemántico usando razonamiento OWL.

El proceso de crear anotaciones semánticas de información clínica requiere la interpretación semántica de modelos clínicos, la cual se hace en el contexto de ontologías formales y de dominio.

Sinergias naturales entre SWIT y SHN

Existen sinergias naturales entre el trabajo de ambos grupos ya que ambas estrategias persiguen la interpretación y representación semántica del contenido recogido usando modelos clínicos (como arquetipos) y la explotación de este contenido.

Objetivo principal de la estancia

El objetivo principal de la estancia será investigar cómo SWIT puede mejorar con el trabajo hecho en el contexto de SHN, qué plataformas software pueden dar soporte a los procesos de interoperabilidad y contribuir a la demonstración práctica de la estrategia SHN para la interoperabilidad semántica de la información clínica.

Plan de trabajo

1. Tarea 1 (2 semanas): Análisis de la propuesta de interoperabilidad semántica. Se estudiarán las propuesta y especificaciones más recientes del grupo receptor para la interoperabilidad semántica de la información clínica.
2. Tarea 2 (8 semanas): Diseño del proceso de transformación. En colaboración con el grupo receptor, se diseñará una plataforma software para producir anotaciones semánticas de información clínica de una forma sistemática y basada en patrones semánticos. También se investigará como pueden combinarse patrones de transformación modelo a modelo y datos a ontología.
3. Tarea 3 (7 semanas): Implementación y pruebas. Se contribuirá a la implementación y pruebas de la estrategia diseñada en la tarea anterior. Una de estas implementaciones ampliará SWIT para permitir una transformación de datos clínicos más sofisticada, soportando la transformación basada en los patrones semánticos definidos en la tarea 2.
4. Tarea 4 (sin semana específica): Desarrollo de informes y artículos. Se generarán informes para cada tarea llevada a cabo durante la estancia y se participará en la escritura de artículos científicos para difundir el trabajo realizado.